Cooperarea bilaterală a AȘM constă în promovarea relațiilor științifice cu Academiile de Științe din țările partenere.
Cooperarea bilaterală este un segment important în dezvoltarea relaţiilor Academiei de Ştiinţe a Moldovei (AŞM) din sfera tehnico-ştiinţifică şi inovaţională cu instituţii similare, ministere şi fonduri de cercetare.
Academia de Ştiinţe a Moldovei, în temeiul Acordului de Parteneriat între Guvern şi AŞM pentru anii 2009-2012, aprobat prin Hotărîrea Guvernului nr. 27 din 22.01.2009, art. 14, lit. t încheie acorduri de cooperare tehnico-ştiinţifice cu instituţii similare şi organizaţii ştiinţifice internaţionale”. Astfel, în prezent sunt semnate 43 de Acorduri de colaborare tehnico-ştiinţifică cu diverse academii şi organizaţii internaţionale de susţinere a ştiinţei.
În baza acestor acorduri AŞM realizează activităţi ce ţin de susţinerea şi promovarea mobilităţii academice, încurajarea parteneriatelor şi organizarea evenimentelor internaţionale. Mecanismul de funcţionare ale acordurilor se bazează pe dezvoltarea cooperării ştiinţifice prin intermediul schimbului echivalent, precum şi implementarea proiectelor bilaterale de cercetare.